freee申告における支払調書のズレ問題の解決について
目次
税理士・中小企業診断士 小口 亮平
慶應義塾大学法学部卒。ITストラテジスト、freee認定アドバイザー。法律会計事務所での実務経験を活かし、資産税申告や事業承継、クラウド会計導入などITと税務の両面から経営を支援。
【解決】freee支払調書の金額ズレを防ぐ！
「同一取引内集計」設定による新・標準運用
BSの美しさと支払調書の正確性を両立させる最新の設定方法
New 最新の標準解決策：チェックボックス一つで解消
freeeの機能アップデートにより、支払調書の連携条件に新しい設定項目が追加されました。これを利用することで、「納付時の仕訳に取引先を指定しても、支払調書の金額が相殺されない」運用が可能になりました。
設定すべき項目
申告freeeの支払調書作成メニュー（発行先一覧）にある以下の項目にチェックを入れます：
この設定で何が変わるのか？
- 以前：「預り金」という勘定科目・取引先が一致する全ての仕訳を合計していたため、納付（マイナス）と預かり（プラス）が相殺されていました。
- これから：「報酬の支払い」と同じ決済ID（取引）に含まれる源泉所得税だけをカウントし、別取引である「納付時の仕訳」は完全に無視されます。
新設定適用後のデータ連携イメージ
取引A：報酬の支払い
（支払管理から登録）
貸：未払金 89,790
貸：預り金 10,210（取引先A）
取引B：税務署への納付
（自動で経理などから登録）
貸：普通預金 10,210
新設定により、取引Bに取引先が指定されていても「取引Aの中の預り金」だけが調書に載ります。
以前までの回避策（参考）
上記の設定が使えない場合や、振替伝票を多用する運用を行っている場合は、引き続き以下の方法が有効です。
方法① 期末振替運用
期中は納付時に「取引先なし」で処理。期末に振替伝票で「取引先あり」と「なし」をぶつけてBSを整理する方法です。
方法② 申告freeeでの直接編集
連携後の申告freee上で、源泉徴収税額を正しい（グロス）金額へ手入力で上書きする方法です。受給者が少ない場合に有効です。
まとめ：これからの実務
長らく「BSを綺麗にするか、支払調書の正確性をとるか」という二択を迫られてきましたが、今後は「同一取引内集計」設定をONにし、毎月の納付仕訳でも堂々と取引先を指定するのが正解です。
実務上のチェックポイント：
- 申告freee側で設定にチェックが入っているか確認する
- 源泉所得税の預かりが「振替伝票」ではなく「取引」として登録されているか確認する
- これにより、決算整理での手間（源泉税の残高整理）を大幅に削減できる
※最新の公式ヘルプ：支払調書の発行先一覧に取引先を追加する
